內含子（英語：Intron）是一個基因中非編碼DNA片段，它分開相鄰的外顯子。更精確的定義是：內含子是阻斷基因線性表現的序列。DNA上的內含子會被轉錄到前mRNA中，但RNA上的內含子會在RNA離開細胞核進行轉譯前被剪除。在成熟mRNA被保留下來的基因部分被稱為外顯子。真核生物的基因含有外顯子和內含子，是前者區別原核生物的特徵之一。但是注意，這並不代表原核生物的基因沒有內含子，如細菌核糖核苷酸還原酶基因中罕見的有內含子。

內含子可能含有「舊碼」，就是在演化過程中喪失功能的基因部分。正因為內含子對轉譯產物的結構無意義，它比外顯子累積有更多的突變。

內含子在選擇性剪接扮演重要角色，一個基因可以因此而產生多種不同的蛋白質。歸根到底，是在剪接過程中同一段DNA，有時被看作外顯子，有時則是內含子。

有一種特殊的內含子，被稱作自剪接內含子（核酶），它可以通過自身作用被切除，來離開mRNA。

內含子和外顯子的比例因種而異，例如河魨的內含子就比較少。

但內含子與「垃圾DNA」不同，垃圾DNA亦即那些基因以外的序列，還未被發現有任何功能的DNA，但可能是參與基因調控和選擇性剪接的調控。但若內含子對應的mRNA片斷沒有被除去，可能會發生非常大的突變。如一種植物，科學家抑制了剪切酶的活性而保留了其mRNA中一段內含子。結果，該植物的雌蕊發育不正常，而雄蕊卻出現了雌蕊的特徵。

「馬賽克基因」，就是說編碼的DNA片斷(外顯子)被非編碼區域(內含子)隔開，該概念是1977年由Hogness，Mandel和Chambon提出。